雖然說電子商務的優點很多，除了可以不被地區所限制購物以外，甚至可以省去每月租金及人事開銷，不過如此優的電子商務其實也會面臨到不少缺點，首先要來說的就是退貨問題，因為不是現場查看貨物，所以很多人會被照片所欺騙，常常拿到物品覺得跟自己想像中的不一樣，因此就會有退貨問題產生，很明顯的，線上退貨的頻率比線下的來得多很多。
電子商務缺點：口碑可能造成的影響
再來要說說電子商務的第二個缺點，那就是很受口碑的影響，尤其是「評價」，現在人在網路上購物會留下評價，有好有壞，好的部分就會為該家店帶來好的形象，有很大機會可以對下一個消費者帶來想購買的慾望，而壞的評價則容易讓消費者打消要購買的念頭，因此如果你的競爭對手惡意給予低評價，那很有可能對你的網路商造成不好的影響。
電子商務缺點：競爭力強
最後要來說說電子商務的第三個缺點，那就是競爭力強，以前網路尚未發達的時候，大多靠的是財力所砸出來的廣告效益，有錢的廠商就會投放很多的廣告，因此知名度提升，銷售量可能也會提升，但現在網路發達了，網路廣告方式百百種，雖然說投放很多錢在廣告上可能會帶來一定的效益及知名度，但是現在也有很多聰明的行銷人會以少量資金達到最高效益，不會因為你跟哪個電視台比較熟就有更多曝光機會，網路廣告看的是你投放時機及目標是否正確。
